Объект исследования: экономика регионов Казахстана. Цель: разработка методологических основ формирования региональных систем и обоснование эколого-экономической безопасности их функционирования. В ходе выполнения научно-исследовательских работ проведен анализ развития новой институциональной среды в регионах Казахстана. Обоснована адаптация теории трансакционных издержек к формированию экономического пространства в регионах. Рассмотрены методические вопросы оценки последствий вертикальной интеграции в регионах. Выявлены факторы угроз и дана оценка экономической безопасности региональных систем Казахстана.