Результаты исследований. Бонитировка 1920 голов лошадей позволила выявить наилучшие генотипы, из которых сформированы селекционные группы для дальнейшей селекционно-племенной работы. Результаты генотипирования лошадей разных пород и построения на их основе филогенетического древа показали два основных кластера популяции кустанайских пород лошадей. Установлено, что большинство популяций лошадей породы жабе сформировались в одном кластере, однако некоторые популяции сгруппировались с мугалжарскими, кушумскими породами, адайскими и найманскими отродьями лошадей. По результатам полногеномного анализа образцов крови лошадей обнаружены и аннотированы однонуклеотидные вариации, вариации с вставкой небольшого фрагмента, вариации структур хромосом, вариация числа копий. Байесовским методом выявлены популяционные кластеры с различными показателями гомозиготности и гетерозиготности. Новизна исследований заключается в том, что в первые в Республике Казахстан проведены широкомасштабные работы по изучению генетической структуры лошадей различных пород и популяций.