Исследованы образцы ДНК, выделенные из различных биоматериалов (кровь, волос), жеребцы-производители разных пород, конематки костанайской породы различного возраста. Выявлен достаточно широкий спектр аллелей. Среднее число аллелей на локус Nv - 6,588, показатель эффективно действующих аллелей (Ае) - 3,690. Анализ аллелофонда выборок чистопородных и помесных лошадей показал более высокий аллельный спектр у чистопородных животных (98 против 90). Спектр аллелей внутри восьми маточных семейств варьирует от 60 до 79. Показано, что наибольшим аллельным разнообразием отличаются группы от арабских и чистокровных английских жеребцов (идентифицировано 91 и 90 аллелей в 17 локусах соответственно).