Исследован процесс развития инноваций в системе высшего профессионального образования. Проведен теоретический анализ литературы развития инноваций в высших учебных заведениях. Доказана важность и целесообразность изучения феномена \"инновация\" как созидательного процесса, обеспечивающего качество образования. Эффективность обоснования теоретико-методологических основ развития инноваций в системе высшего профессионального образования в Казахстане определяется совокупностью научных идей, способствующих построению общей теории развития инноваций в образовании в соответствии с объективными потребностями современного общества.