Рассмотрена разработка организационно-экономических основ эффективного функционирования АПК в условиях индустриально-инновационного развития Республики Казахстан. Разработана методика и проведен анализ эффективности государственных субсидий в сельском хозяйстве РК. Осуществлена систематизация существующих программ и правил субсидирования, рассчитаны показатели эффективности субсидирования и предложены рекомендации по совершенствованию системы субсидирования сельского хозяйства.