Проведены исследования по выявлению видов зоопланктона и зообентоса в качестве биоиндикаторов уровня органического вещества в типовых водоемах Балхаш - Алакольского бассейна и бассейна р. Жайык. Определены условия среды их обитания для выявления локальных зон сапробности. Дана оценка видов зоопланктона и зообентоса в качестве региональных биоиндикаторов содержания органического вещества в указанных водоемах. Рассчитаны региональные биоиндикаторные параметры для 322 видов беспозвоночных бассейнов. Проведен сравнительный анализ полученных данных с имеющимися по европейским сводкам. Применены молекулярно-генетические методики для подтверждения и корректировки видовой идентификации беспозвоночных.