Сообщества рыб в водоемах Сырдарьинского и Балкашского бассейнов представлены аборигенными и чужеродными видами. В большинстве водоемов сохраняются благоприятные условия для воспроизводства рыб. Условия существования препятствуют достижению рыбами максимальных размеров и возраста. В целом среда обитания рыб оценивается как зона относительного экологического благополучия. Вблизи оз.Алаколь обнаружена новая популяция гольца Северцова. Выяснен таксономический статус горчака и вьюна - чужеродных видов рыб Балкашского бассейна. Балхашская маринка, семиреченский гольян, аральская щиповка являются перспективными видами рыб для декоративного рыбоводства.