Изучен аллелофонд пород санта-гертруда, аулиекольская, казахская белоголовая КРС. Проведен генетический мониторинг современного поголовья в хозяйствах республики для определения популяционно-генетической структуры между породами, существующими в популяциях. Даны рекомендации по дальнейшей племенной работе с ними. Ускорение процесса селекции при выведении высокопродуктивных пород животных и создание новых ценных пород животных, устойчивых к различным заболеваниям и неблагоприятным факторам внешней среды с использованием генетической технологии возможно при исследовании на популяционном уровне. Решение этих проблем будет способствовать научно-техническому прогрессу сельского хозяйства, и ключевая роль в этом будет принадлежать методам молекулярной генетики и общей биотехнологии целом. Частоту встречаемости изученных аллелей и локусов с учетом фенотипа можно рассматривать в качестве одного из критериев оценки продуктивности КРС. Вследствие этого STR-маркеры и данные по фенотипу могут использоваться для генетической характеристики популяции и в качестве маркеров фенотипических показателей популяций породы санта-гертруда, аулиекольская, казахская белоголовая КРС мясной направленности. Породы санта-гертруда, аулиекольская, казахская белоголовая КРС характеризуется широким генетическим разнообразием и их STR генетические профили могут быть использованы в качестве критерия оценки состояния и степени родства популяций внутри породы и отображать их происхождение.