Сообщества рыб в исследованных водоемах Сырдарьинского и Балхашского бассейнов представлены аборигенными и чужеродными видами рыб. В большинстве исследованных водоемов сохраняются благоприятные условия для воспроизводства рыб различных видов. Условия существования препятствуют достижению рыбами максимальных размеров и возраста. Гистологический анализ выявил нарушения в системах детоксикации организма: жабрах, печени и почках разных видов рыб. В целом состояние среды обитания рыб оценивается как зона относительного экологического благополучия. Вблизи оз.Алаколь обнаружена новая популяция гольца Северцова. Выяснен таксономический статус горчака и вьюна - чужеродных видов рыб Балхашского бассейна. Балхашская маринка, семиреченский гольян, аральская щиповка являются перспективными видами рыб для декоративного рыбоводства.