Проведены сезонные исследования по учету численности основных физиологических групп микроорганизмов в прибрежных водах, донных отложениях и почвах в весенний, летний и осенний периоды. Содержание гетеротрофных бактерий в воде в весенний и летний период было примерно на одном уровне, осенью их количество снижалось. Пик развития спорообразующих бактерий, актиномицетов и мицелиальных грибов приходился на весенний сезон. В данных отложениях количество гетеротрофных и спорообразующих бактерий во все исследуемые сезоны было практически на одном уровне. Больше всего мицелиальных грибов и актиномицетов учитывалось весной. Наибольшая численность исследуемых микроорганизмов была в почвенных образцах. Так, количество гетеротрофных бактерий составляло порядка 105-108 КОЕ/г по сезонам. Пик развития спорообразующих бактерий приходился на летний период, а актиномицетов и мицелиальных грибов - на весенний. Наибольшая численность углеводородокисляющих микроорганизмов в морской воде и донных отложениях отмечалась в летний период, а в почве - в весенний и осенний сезоны. Результаты проведенных исследовании позволят получить информацию о состоянии среды и изменении экологической ситуации в акватории Северо-Восточного Прикаспия. Такой подход является перспективным для мониторинга качества среды, степени и характера загрязнения, как фоновых районов, так и акваторий, испытывающих различный уровень антропогенного пресса, без применения дорогостоящих и сложных методов. Результаты исследования могут служить отправной точкой для регулярного регионального мониторинга.