Разработана и изготовлена автономная автоматизированная система регистрации тепловых нейтронов на современной элементной базе, которая отвечает основным требованиям к управляющим блокам приборов и способна функционировать в жестких высокогорных условиях во время грозовой активности. Модифицирована система сбора данных и компьютерная программа для управления системой регистрации тепловых нейтронов. Улучшено временное разрешение системы. Установлена высокая корреляция между тепловыми и высокоэнергичными нейтронами в условиях \"хорошей погоды\". Исследованы вариации регистрируемого вторичного излучения космических лучей во время активной фазы грозы. Показано, что во время возмущений геомагнитного поля с 70 до 30 nT в ионосфере появляются флуктуирующие изменения критических частот большой амплитуды, которые могут служить признаком для идентификации ионосферных бурь и появлением геоэффективных событий на Солнце. Найдено заметное подобие характера долготного хода (UT-вариаций) глобального электронного содержания и относительной конфигурации геомагнитного и географического экваторов, что указывает на значимую роль динамических процессов в термосфере и ионосфере на формирование F - области ионосферы.