Выделены основные направления модернизации высшего образования в Казахстане. Определены основные задачи вузовского менеджмента. Обосновано, что внедрение управленческих инноваций в казахстанской практике образовательного менеджмента позволит ускорить процесс достижения качественных результатов, в котором управление рисками выступает как системообразующий фактор. Проведен анализ и разработана концепция управления рисками в системе высшего образования.