Рассмотрен алгоритм вычисления основных топологических характеристик трехмерных тел, основанный на дискретизации теории Морса и использующий дискретные аналоги гладких функций, имеющих только невырожденные (морсовские) и простейшие вырожденные критические точки. Описан численный алгоритм вычисления персистентных гомологий трехмерных тел и обосновано его применение к исследованию реализаций песчаных коллекторов, полученных при геологическом моделировании нефтеносных пластов.