Разработаны программный комплекс и алгоритмы численного моделирования методом молекулярной динамики с накоплением информации в реляционной базе данных. В программе реализована расчетная схема с использованием различных алгоритмов для решения уравнений движения частиц. Выявлены оптимальные условия применения данного метода. Создана информационная система "Моделирование свойств двухкомпонентной плазмы методом МД", включающая в себя диалоговый интерфейс для выбора алгоритмов вычисления координат и скорости, что позволяет на основе метода молекулярной динамики получать контрольную карту. Программная оболочка снабжена средствами визуального наблюдения за движением частиц в системе, которая дает возможность наблюдать и анализировать данные в ходе компьютерного эксперимента.