В условиях аномально высокого летнего паводка содержание биогенных соединений, а также цинка, кадмия и свинца в водных объектах бассейна верхнесреднего течения р. Или не превышает предельно допустимых концентраций. Концентрация меди превышает ПДК для рыбохозяйственных водоемов. Выборка фоновых видов рыб характеризуется низким уровнем загрязнения тяжелыми металлами, не превышающим максимально допустимый уровень. В составе зоопланктона выявлены коловратки, ветвистоусые, веслоногие, факультативные планктеры. В составе бентофауны установлено 35 видов гидробионтов. Насекомые представлены 26 видами. Наибольшее разнообразие ихтиофауны выявлено в Текесском водохранилище, р. Шарын и участке р. Или в районе п. Добын. В Текесском водохранилище и нижнем участке р. Шарын обитают преимущественно аборигенные виды рыб. Состав ихтиофауны р. Или значительно беднее ожидаемого. Относительно низкий уровень морфопатологий эритроцитов у рыб отмечен в р. Или и связанных с ней пойменных водоемах. Результаты микроядерного теста у рыб свидетельствуют об относительно благоприятной экологической ситуации в районе.