В составе зоопланктона выявлены 79 таксонов коловраток и низших ракообразных. Отмечено неустойчивое состояние видовой структуры сообщества коловраток в зоне промышленного загрязнения. Выявлены изменения видовой и трофической структуры сообщества низших ракообразных, нарушения половой структуры популяций, наличие уродливых особей, характерных для напряженной экологической ситуации. В составе донной и придонной фауны беспозвоночных выявлены 62 таксона. Наиболее сбалансирован бентос р. Нуры и верхней части водохранилища. Наименьшие количественные показатели отмечены в южной части, прилегающей к промзоне г. Темиртау и сбросным каналам. В составе ихтиофауны среднего участка р. Нуры зарегистрированы 10 аборигенных и 7 чужеродных видов. У рыб Самаркандского водохранилища и участка р. Нуры ниже него отмечены уродства и патологии, свидетельствующие о неблагополучном состоянии среды обитания.