Уменьшение обводненности низовьев, минерализация речной воды привели к изменению водно-солевого режима почв, значительному засолению, антропогенной аридизации, трансформации и деградации почвенного покрова современной дельты Сырдарьи. На орошаемых массивах вторичное засоление почв сопровождается снижением урожайности сельскохозяйственных культур и выходом земель из сельхозоборота. Подготовлены предложения по снижению деградации почв.