Кудайберген Куанович Жубанов родился 19 декабря 1899 года в селе Акжар, Темирского (ныне Мугалжарский район Актюбинской области. Начальное образование получил в местной школе, открытой его отцом Куаном Жубановым, затем в медресе «Хусайния» в г. Оренбурге в 1914-1916 годах. В 1928 году окончил Ленинградский институт живых восточных языков, в 1929-1932 годах обучался в аспирантуре Института восточных языков и Института языка и мышления Академии наук СССР по специальностям тюркские языки и общее языкознание. К.К. Жубанов в совершенстве владел следующими языками: персидским, арабским, немецким, турецким, монгольским, грузинским, чувашским, коми, русским и тюркскими языками (по его собственным записям в анкетных данных). 

С 1928 по 1929 г. работал в Казахском государственном университете в г.Алматы научным сотрудником Кафедры сравнительной тюркологии.

С 1932 г. и вплоть до ареста в ноябре 1937 г. был профессором и заведовал Кафедрой казахского языка и литературы Казахского педагогического института. 

С 1933 по 1937 годы являлся членом коллегии, заведующим сектором методики, программ и учебников и председателем Учебно-методического совета Народного комиссариата просвещения Казахской ССР, а также Председателем Государственной терминологической комиссии Казахской ССР и главным редактором «Бюллетеня Гостерминкома». 

В 1936—1937 годах являлся заведующим лингвистическим сектором, членом Ученого совета и членом Президиума Казахского филиала Академии наук СССР, а также главным редактором «Академического словаря казахского языка».

С 1935 по 1937 г. являлся членом научного совета Казахстанского института национальной культуры и членом Всесоюзного Центрального Комитета нового (латинизированного) алфавита. 

В 1935 году избирался членом КазЦИКа и делегатом на ХVI Всероссийский съезд Советов, награждён Почетным знаком «15 лет Казахстана». 19 ноября 1937 года арестован НКВД, объявлен врагом народа и по решению «выездной тройки» расстрелян 25 февраля 1938 года — в первый день массовых расстрелов видных государственных и общественных деятелей Казахстана. 3 октября 1957 года посмертно реабилитирован за отсутствием состава преступления. 

Имя К. Жубанова присвоено Актюбинскому государственному университету, одному из крупнейших вузов Западного Казахстана и всей страны. В 1998 году в честь 100-летия со дня рождения этого выдающегося ученого руководство актюбинского университета при содействии областной администрации соорудило памятник — бюст Кудайбергену Куановичу Жубанову, тем самым увековечив память об этом славном сыне Казахстана. Автор памятника Жадигер Кенбай. Несомненно, что памятник К. К. Жубанову стал украшением не только вуза, но и всего областного центра. Также фамилию Жубанова носят улицы во многих городах.