Серік Бакиевтің ғылыми қызығушылықтары су экожүйелеріндегі шартты-патогенді микроорганизмдерді анықтау, олардың антибиотиктерге төзімділігін бағалау, молекулалық-генетикалық сәйкестендіру, сондай-ақ жануарлар мен қоршаған ортадағы микробиологиялық қауіпсіздік мәселелерін зерттеуді қамтиды. Оның жетекшілігімен және қатысуымен жүзеге асырылып жатқан жобаларда табиғи және жер асты суларының микробиомын зерттеу, эндофитті бактерияларды бөліп алу, экожүйелердегі антибиотикрезистенттіліктің таралуын бағалау сияқты өзекті ғылыми міндеттер шешіледі.

Ғалым соңғы жылдары ҚР Ғылым және жоғары білім министрлігі мен басқа да мемлекеттік органдар қаржыландыратын көптеген гранттық және бағдарламалық-мақсатты жобалардың орындаушысы әрі жетекшісі ретінде еңбек етіп келеді. Оның ғылыми қызметі балық шаруашылығы, биотехнология, экология және молекулалық биология салаларын тоғыстыра отырып, ғылым нәтижелерін нақты өндіріске енгізуге бағытталған.

Зерттеуші ғылыми жұмыспен қатар педагогикалық қызметті де қатар алып жүр. Ол М.Өтемісов атындағы Батыс Қазақстан университетінде студенттерге Genetics, Environmental Indication, өсімдіктер мен жануарлар экологиясы және басқа да пәндерден дәріс оқиды. Сонымен бірге жоғары білім беру жүйесінде кәсіби шеберлікті жетілдіру курстарынан тұрақты өтіп, білім беру бағдарламаларын жаңғыртуға үлес қосып келеді.

Жас ғалымның ғылыми жарияланымдарының саны 59-ға жеткен. Оның ішінде халықаралық Web of Science және Scopus базаларында индекстелетін беделді журналдарда жарияланған мақалалары, монографиялары, патенттері мен практикалық ұсынымдары бар. Ғалымның бірқатар зерттеулері БҰҰ-ның Тұрақты даму мақсаттарына, әсіресе теңіздер мен су ресурстарын сақтау және оларды ұтымды пайдалану бағытындағы бастамаларға үлес қосады.